Nabi Zakaria, ayahnya Nabi Yahya sadar dan mengetahui bahawa anggota-anggota keluarganya, saudara-saudaranya, sepupu-sepupunya dan anak-anak saudaranya adalah orang-orang jahat Bani Israil yang tidak segan-segan melanggar hukum-hukum agama dan berbuat maksiat, disebabkan iman dan rasa keagamaan mereka belum meresap betul didalam hati mereka, sehingga dengan mudah mereka tergoda dan terjerumus ke dalam lembah kemungkaran dan kemaksiatan. Ia khuatir bila ajalnya tiba dan meninggalkan mereka tanpa seorang waris yang dapat melanjutkan pimpinannya atas kaumnya, bahawa mereka akan makin rusak dan makin berani melakukan kejahatan dan kemaksiatan bahkan ada kemungkinan mereka mengadakan perubahan-perubahan di dalam kitab suci Taurat dan menyalah-gunakan hukum-hukum agama.
Kekhuatiran itu selalu mengganggu fikiran Zakaria disamping rasa sedih hatinya bahawa ia sejak kawin hingga mencapai usia sembilan puluh tahun, Tuhan belum mengurniakannya dengan seorang anak yang ia idam-idamkan untuk menjadi penggantinya memimpin dan mengimami Bani Isra'il. Ia agak terhibur dari rasa sedih dan kekhuatirannya semasa ia bertugas memelihara dan mengawasi Maryam yang dapat dianggap sebagai anak kandungnya sendiri. Akan tetapi rasa sedihnya dan keinginanya yang kuat untuk memperolhi keturunan tergugah kembali ketika ia menyaksikan mukjizat hidangan makanan dimihrabnya Maryam. Ia berfikir didalam hatinya bahawa tiada sesuatu yang mustahil di dalam kekuasaan Allah. Allah yang telah memberi rezeki kepada Maryam dalam keadaan seorang diri tidak berdaya dan berusaha, Dia pula berkuasa memberinya keturunan bila Dia kehendaki walaupun usianya sudah lanjut dan rambutnya sudah penuh uban.
Pada suatu malam yang sudah larut duduklah Zakaria di mihrabnya mengheningkan cipta memusatkan fikiran kepada kebesaran Allah seraya bermunajat dan berdoa dengan khusyuk dan keyakinan yang bulat. Dengan suara yang lemah lembut berucaplah ia dalam doanya: "Ya Tuhanku berikanlah aku seorang putera yang akan mewarisiku dan mewarisi sebahagian dari keluarga Ya'qub, yang akan meneruskan pimpinan dan tuntunanku kepada Bani Isra'il. Aku khuatir bahawa sepeninggalanku nanti anggota-anggota keluargaku akan rusak kembali aqidah dan imannya bila aku tinggalkan mati tanpa seorang pemimpin yang akan menggantikan aku. Ya Tuhanku, tulangku telah menjadi lemah dan kepalaku telah dipenuhi uban sedang isteriku adalah seorang perempuan yang mandul namun kekuasaan-Mu adalah diatas segala kekuasaan dan aku tidak jemu-jemunya berdoa kepadamu memohon rahmat-Mu mengurniai aku seorang putera yang soleh yang engkau ridhai."
Allah berfirman memperkenankan permohonan Zakaria: "Hai Zakaria Kami memberi khabar gembira kepadamu, kamu akan memperoleh seorang putera bernama Yahya yang soleh yang membenarkan kitab-kitab Allah menjadi pemimpin yang diikuti bertahan diri dari hawa nafsu dan godaan syaitan serta akan menjadi seorang nabi."
Berkata Zakaria: "Ya Tuhanku bagaimana aku akan memperoleh anak sedangkan isteri adalah seorang perempuan yang mandul dan aku sendiri sudah lanjut usianya."
Allah menjawab dengan firman-Nya: "Demikian itu adalah suatu hal yang mudah bagi-Ku. Tidakkah aku telah ciptakan engkau padahal engkau di waktu itu belum ada sama sekali?"
Berkata Zakaria: "Ya Tuhanku, berilah aku akan suatu tanda bahawa isteri aku telah mengandung." Allah berfirman: "Tandanya bagimu bahawa engkau tidak dapat berkata-kata dengan manusia selama tiga hari berturut-turut kecuali dengan isyarat. Dan sebutlah nama-Ku sebanyak-banyaknya serta bertasbihlah diwaktu petang dan pagi hari."
Nabi Yahya bin Zakaria a.s. tidak banyak dikisahkan oleh Al-Quran kecuali bahawa ia diberi ilmu dan hikmah selagi ia masih kanak-kanak dan bahawa ia seorang putera yang berbakti kepada kedua orang tuanya dan bukanlah orang yang sombong durhaka. Ia terkenal cerdik pandai, berfikiran tajam sejak ia berusia muda, sangat tekun beribadah yang dilakukan siang dan malam sehingga berpengaruh kepada kesehatan badannya dan menjadikannya kurus kering, wajahnya pucat dan matanya cekung.
Ia dikenal oleh kaumnya sebagai orang alim menguasai soal-soal keagamaan, hafal kitab Taurat, sehingga ia menjadi tempat bertanya tentang hukum-hukum agama. Ia memiliki keberanian dalam mengambil sesuatu keputusan, tidak takut dicerca orang dan tidak pula menghiraukan ancaman pihak penguasa dalam usahanya menegakkan kebenaran dan melawan kebathilan.
Ia selalu menganjurkan orang-orang yang telah berdosa agar bertaubat dari dosanya. Dan sebagai tanda taubatnya mereka dipermandikan { dibaptiskan } di sungai Jordan, kebiasaan mana hingga kini berlaku di kalangan orang-orang Kristian dan kerana Nabi Yahya adalah orang pertama yang mengadakan upacara itu, maka ia dijuluki "Yahya Pembaptis".
Dikisahkan bahawa Hirodus Penguasa Palestin pada waktu itu mencintai anak saudaranya sendiri bernama Hirodia, seorang gadis yang cantik, ayu, bertubuh lampai dan ramping dan berhasrat ingin mengahwininya. Sang gadis berserta ibunya dan seluruh anggota keluarga menyentujui rencana perkahwinan itu, namun Nabi Yahya menentangnya dan mengeluarkan fakwa bahawa perkahwinan itu tidak boleh dilaksanakan kerana bertentangan dengan syariat Musa yang mengharamkan seorang mengahwini anak saudaranya sendiri.
Berita rencana perkahwinan Hirodus dan Hirodia serta fatwa Nabi Yahya yang melarangnya tersiar di seluruh pelosok kota dan menjadi pembicaraan orang di segala tempat di mana orang berkumpul. Herodia si gadis cantik calon isteri itu merasa sedih bercampur marah terhadap Nabi Yahya yang telah mengeluarkan fatwa mengharamkan perkahwinannya dengan bapa saudaranya sendiri, fatwa mana telah membawa reaksi dan pendapat dikalangan masyarakat yang luas. Ia khuatir bahawa bapa saudaranya Herodus calon suami dapat terpengaruh oleh fatwa Nabi Yahya itu dan terpaksa membatalkan perkahwinan yang sudah dinanti-nanti dan diidam-idamkan, bahkan sudah menyiapkan segala sesuatu berupa pakaian mahupun peralatan yang perlu untuk pesta perkahwinan yang telah disepakati itu.
Menghadapi fatwa Nabi Yahya dan reaksi masyarakat itu, Herodia tidak tinggal diam. Ia berusaha dengan bersenjatakan kecantikkan dan parasnya yang ayu itu mempengaruhi bapa saudaranya calon suaminya agar rencana perkahwinan dilaksanakan menurut rencana. Dengan merias diri dan berpakaian yang merangsang, ia pergi mengunjungi bapa saudaranya Herodus yang sedang dilanda mabuk asmara. Bertanya Herodus kepada anak saudaranya calon isterinya yang nampak lebih cantik daripada biasa : "Hai manisku, apakah yang dapat aku berbuat untukmu. Katakanlah aku akan patuhi segala permintaanmu, kedatanganmu kemari pada saat ini tentu didorong oleh sesuatu hajat yang mendesak yang ingin engkau sampaikan kepadaku. Sampaikanlah kepadaku tanpa ragu-ragu, hai sayangku, aku sedia melayani segala keperluan dan keinginanmu."
Herodia menjawab: "Bila Tuan Raja berkenan, maka aku hanya mempunyai satu permintaan yang mendorongku datang mengunjungi Tuanku pada saat ini. Permintaanku yang tunggal itu ialah kepala Yahya bin Zakaria orang yang telah mengacau rencana kita dan mencemarkan nama baik Tuan Raja dan namaku sekeluarga di segala tempat dan penjuru. Supaya dia dipenggal kepalanya. Alangkah puasnya hatiku dan besarnya terima kasihku, bila Tuanku berkenan meluluskan permintaanku ini".
Herodus yang sudah tergila-gila dan tertawan hatinya oleh kecantikan dan keelokan Herodia tidak berkulik menghadapi permintaan calon isterinya itu dan tidak dapat berbuat selain tunduk kepada kehendaknya dengan mengabaikan suara hati nuraninya dan panggilan akal sihatnya. Demikianlah maka tiada berapa lama dibawalah kepala Yahya bin Zakaria berlumuran darah dan diletakkannya di depan kesayangannya Herodia yang tersenyum tanda gembira dan puas hati bahawa hasratnya membalas dendam terhadap Yahya telah terpenuhi dan rintangan utama yang akan menghalangi rencana perkahwinannta telah tersingkirkan, walaupun perbuatannya itu menurunkan laknat Tuhan atas dirinya, diri rajanya dan Bani Isra'il seluruhnya.
ذِكْرُ رَحْمَةِ رَبِّكَ عَبْدَهُ زَكَرِيَّا (٢)إِذْ نَادَى رَبَّهُ نِدَاءً خَفِيًّا (٣)قَالَ رَبِّ إِنِّي وَهَنَ الْعَظْمُ مِنِّي وَاشْتَعَلَ الرَّأْسُ شَيْبًا وَلَمْ أَكُنْ بِدُعَائِكَ رَبِّ شَقِيًّا (٤)وَإِنِّي خِفْتُ الْمَوَالِيَ مِنْ وَرَائِي وَكَانَتِ امْرَأَتِي عَاقِرًا فَهَبْ لِي مِنْ لَدُنْكَ وَلِيًّا (٥)يَرِثُنِي وَيَرِثُ مِنْ آلِ يَعْقُوبَ وَاجْعَلْهُ رَبِّ رَضِيًّا (٦)يَا زَكَرِيَّا إِنَّا نُبَشِّرُكَ بِغُلامٍ اسْمُهُ يَحْيَى لَمْ نَجْعَلْ لَهُ مِنْ قَبْلُ سَمِيًّا (٧)قَالَ رَبِّ أَنَّى يَكُونُ لِي غُلامٌ وَكَانَتِ امْرَأَتِي عَاقِرًا وَقَدْ بَلَغْتُ مِنَ الْكِبَرِ عِتِيًّا (٨)قَالَ كَذَلِكَ قَالَ رَبُّكَ هُوَ عَلَيَّ هَيِّنٌ وَقَدْ خَلَقْتُكَ مِنْ قَبْلُ وَلَمْ تَكُ شَيْئًا (٩)قَالَ رَبِّ اجْعَلْ لِي آيَةً قَالَ آيَتُكَ أَلا تُكَلِّمَ النَّاسَ ثَلاثَ لَيَالٍ سَوِيًّا (١٠)فَخَرَجَ عَلَى قَوْمِهِ مِنَ الْمِحْرَابِ فَأَوْحَى إِلَيْهِمْ أَنْ سَبِّحُوا بُكْرَةً وَعَشِيًّا (١١)يَا يَحْيَى خُذِ الْكِتَابَ بِقُوَّةٍ وَآتَيْنَاهُ الْحُكْمَ صَبِيًّا (١٢)وَحَنَانًا مِنْ لَدُنَّا وَزَكَاةً وَكَانَ تَقِيًّا (١٣)وَبَرًّا بِوَالِدَيْهِ وَلَمْ يَكُنْ جَبَّارًا عَصِيًّا (١٤)وَسَلامٌ عَلَيْهِ يَوْمَ وُلِدَ وَيَوْمَ يَمُوتُ وَيَوْمَ يُبْعَثُ حَيًّا (١٥)
Artinya: 2. (yang dibacakan ini adalah) penjelasan tentang rahmat Tuhan kamu kepada hamba-Nya, Zakaria,3. Yaitu tatkala ia berdoa kepada Tuhannya dengan suara yang lembut.4. ia berkata "Ya Tuhanku, Sesungguhnya tulangku telah lemah dan kepalaku telah ditumbuhi uban, dan aku belum pernah kecewa dalam berdoa kepada Engkau, Ya Tuhanku.5. dan Sesungguhnya aku khawatir terhadap mawaliku[898] sepeninggalku, sedang isteriku adalah seorang yang mandul, Maka anugerahilah aku dari sisi Engkau seorang putera,6. yang akan mewarisi aku dan mewarisi sebahagian keluarga Ya'qub; dan Jadikanlah ia, Ya Tuhanku, seorang yang diridhai".7. Hai Zakaria, Sesungguhnya Kami memberi kabar gembira kepadamu akan (beroleh) seorang anak yang namanya Yahya, yang sebelumnya Kami belum pernah menciptakan orang yang serupa dengan Dia.8. Zakaria berkata: "Ya Tuhanku, bagaimana akan ada anak bagiku, Padahal isteriku adalah seorang yang mandul dan aku (sendiri) Sesungguhnya sudah mencapai umur yang sangat tua".9. Tuhan berfirman: "Demikianlah". Tuhan berfirman: "Hal itu adalah mudah bagi-Ku; dan sesunguhnya telah aku ciptakan kamu sebelum itu, Padahal kamu (di waktu itu) belum ada sama sekali".10. Zakaria berkata: "Ya Tuhanku, berilah aku suatu tanda". Tuhan berfirman: "Tanda bagimu ialah bahwa kamu tidak dapat bercakap-cakap dengan manusia selama tiga malam, Padahal kamu sehat".11. Maka ia keluar dari mihrab menuju kaumnya, lalu ia memberi isyarat kepada mereka; hendaklah kamu bertasbih di waktu pagi dan petang.12. Hai Yahya, ambillah[899] Al kitab (Taurat) itu dengan sungguh-sungguh. dan Kami berikan kepadanya hikmah[900] selagi ia masih kanak-kanak,13. dan rasa belas kasihan yang mendalam dari sisi Kami dan kesucian (dan dosa). dan ia adalah seorang yang bertakwa,14. dan seorang yang berbakti kepada kedua orang tuanya, dan bukanlah ia orang yang sombong lagi durhaka.15. Kesejahteraan atas dirinya pada hari ia dilahirkan dan pada hari ia meninggal dan pada hari ia dibangkitkan hidup kembali.(QS. Maryam 2-15)
Keterangan : [898] Yang dimaksud oleh Zakaria dengan mawali ialah orang-orang yang akan mengendalikan dan melanjutkan urusannya sepeninggalnya.Yang dikhawatirkan Zakaria ialah kalau mereka tidak dapat melaksanakan urusan itu dengan baik, karena tidak seorangpun diantara mereka yang dapat dipercayainva, oleh sebab itu Dia meminta dianugerahi seorang anak.[899] Maksudnya: pelajarilah Taurat itu, amalkan isinya, dan sampaikan kepada umatmu.[900] Maksudnya: kenabian. atau pemahaman Taurat dan pendalaman agama.
Dalam Ayat lain disebutkan
هُنَالِكَ دَعَا زَكَرِيَّا رَبَّهُ قَالَ رَبِّ هَبْ لِي مِنْ لَدُنْكَ ذُرِّيَّةً طَيِّبَةً إِنَّكَ سَمِيعُ الدُّعَاءِ (٣٨)فَنَادَتْهُ الْمَلائِكَةُ وَهُوَ قَائِمٌ يُصَلِّي فِي الْمِحْرَابِ أَنَّ اللَّهَ يُبَشِّرُكَ بِيَحْيَى مُصَدِّقًا بِكَلِمَةٍ مِنَ اللَّهِ وَسَيِّدًا وَحَصُورًا وَنَبِيًّا مِنَ الصَّالِحِينَ (٣٩)قَالَ رَبِّ أَنَّى يَكُونُ لِي غُلامٌ وَقَدْ بَلَغَنِيَ الْكِبَرُ وَامْرَأَتِي عَاقِرٌ قَالَ كَذَلِكَ اللَّهُ يَفْعَلُ مَا يَشَاءُ (٤٠)قَالَ رَبِّ اجْعَلْ لِي آيَةً قَالَ آيَتُكَ أَلا تُكَلِّمَ النَّاسَ ثَلاثَةَ أَيَّامٍ إِلا رَمْزًا وَاذْكُرْ رَبَّكَ كَثِيرًا وَسَبِّحْ بِالْعَشِيِّ وَالإبْكَارِ (٤١)
Artinya: 38. di sanalah Zakariya mendoa kepada Tuhannya seraya berkata: "Ya Tuhanku, berilah aku dari sisi Engkau seorang anak yang baik. Sesungguhnya Engkau Maha Pendengar doa".39. kemudian Malaikat (Jibril) memanggil Zakariya, sedang ia tengah berdiri melakukan shalat di mihrab (katanya): "Sesungguhnya Allah menggembirakan kamu dengan kelahiran (seorang puteramu) Yahya, yang membenarkan kalimat[193] (yang datang) dari Allah, menjadi ikutan, menahan diri (dari hawa nafsu) dan seorang Nabi Termasuk keturunan orang-orang saleh".40. Zakariya berkata: "Ya Tuhanku, bagaimana aku bisa mendapat anak sedang aku telah sangat tua dan isteriku pun seorang yang mandul?". berfirman Allah: "Demikianlah, Allah berbuat apa yang dikehendaki-Nya".41. berkata Zakariya: "Berilah aku suatu tanda (bahwa isteriku telah mengandung)". Allah berfirman: "Tandanya bagimu, kamu tidak dapat berkata-kata dengan manusia selama tiga hari, kecuali dengan isyarat. dan sebutlah (nama) Tuhanmu sebanyak-banyaknya serta bertasbihlah di waktu petang dan pagi hari"(.Q.S Ali Imron 38-41)
وَزَكَرِيَّا إِذْ نَادَى رَبَّهُ رَبِّ لا تَذَرْنِي فَرْدًا وَأَنْتَ خَيْرُ الْوَارِثِينَ (٨٩)فَاسْتَجَبْنَا لَهُ وَوَهَبْنَا لَهُ يَحْيَى وَأَصْلَحْنَا لَهُ زَوْجَهُ إِنَّهُمْ كَانُوا يُسَارِعُونَ فِي الْخَيْرَاتِ وَيَدْعُونَنَا رَغَبًا وَرَهَبًا وَكَانُوا لَنَا خَاشِعِينَ
Artinya: 89. dan (ingatlah kisah) Zakaria, tatkala ia menyeru Tuhannya: "Ya Tuhanku janganlah Engkau membiarkan aku hidup seorang diri[968] dan Engkaulah waris yang paling Baik[969].90. Maka Kami memperkenankan doanya, dan Kami anugerahkan kepada nya Yahya dan Kami jadikan isterinya dapat mengandung. Sesungguhnya mereka adalah orang-orang yang selalu bersegera dalam (mengerjakan) perbuatan-perbuatan yang baik dan mereka berdoa kepada Kami dengan harap dan cemas[970]. dan mereka adalah orang-orang yang khusyu' kepada kami (Q.S.Al-Ambiya’89-90)
Keterangan : [968] Maksudnya: tidak mempunyai keturunan yang mewarisi[969] Maksudnya: andaikata Tuhan tidak mengabulkan doanya, Yakni memberi keturunan, Zakaria menyerahkan dirinya kepada Tuhan, sebab Tuhan adalah waris yang paling baik.[970] Maksudnya: mengharap agar dikabulkan Allah doanya dan khawatir akan azabnya.